Una sección especial de nuestro museo es la sala de ciencias naturales donde queremos que te aproximes al patrimonio natural de nuestro país.

En esta sala encontrarás una muestra del herbario recolectado y formado por el P. Luis Sodiro (1836 – 1909), miembro del grupo de sabios jesuitas traídos por García Moreno para regentar la Escuela Politécnica. El herbario es una colección de plantas organizada científicamente para fines de investigación de los estudiosos de la Botánica. 

De él hemos extraído una pequeña muestra con algunos ejemplares de plantas que fueron muy comunes en la zona de Cotocollao y que desaparecieron como consecuencia del crecimiento urbano y la contaminación.  

La muestra la completan algunos ejemplares de plantas medicinales sobre los que describimos sus usos tradicionales. Otro tesoro de esta sala es una selección de las más de 200.000 mariposas ecuatorianas, recolectadas y clasificadas científicamente por nuestro Subdirector, el P. Francisco Piñas, S.J., a lo largo de veinte años de paciente trabajo. Las hay de todos los colores imaginables como el violeta, azul eléctrico, negro azabache, verde esmeralda, rojo, colores luminiscentes, ocres tonos pasteles, etc. Algunas tienen cenefas que parecen tatuajes polinésicos, otras intimidan a sus depredadores mediante formas surrealistas que imitan a otros animales, conformando todo ello un caleidoscopio cromático que rebasa los límites de la imaginación humana.