Parte del recorrido por el museo es la visita a la Capilla del antiguo Colegio Loyola.   Levantada como parte del edificio que la contiene, la Capilla posee una sola nave con bóveda de cañón y columnas de estilo dórico. Aquí podemos encontrar algunas obras del Hermano Hernando de la Cruz.

Una joya que no puedes dejar de conocer en este espacio es un crucifijo que data aproximadamente del siglo XV. Es posible que este crucifijo haya sido de los primeros en llegar a Quito traído por alguno de los misioneros católicos que acompañaban a las expediciones de conquista.