Emilio Moscoso nació en Cuenca el 21 de abril de 1846. La fecha exacta de su nacimiento es discutida porque en algunos catálogos de la Compañía de Jesús el día del mes de abril se corre al 11 y 17. Sea como fuere, nació en aquellos días en una numerosa familia de trece hijos del matrimonio de Juan Manuel Moscoso Benítez y María Antonia Cárdenas y Arciniega.